LSAC生命科技論壇:高通量測序技術與應用

E1館二樓,M16會議室

2018LSAC生命科技論壇與analytica China展覽同期召開。生物谷與慕尼黑展覽(上海)有限公司作為2018LSAC生命科技論壇共同主辦單位,雙方將共同邀請行業人士圍繞高通量測序技術與應用,從政策方向、新技術、投融資趨勢等多角度展開深入探討,以期為行業從業者間架起充分溝通的橋梁。

會議時間:

2018年11月01日 

 

會議地點 :

上海新國際博覽中心

E1館二樓,M16會議室

 

主辦單位  Organizers:

生物谷  Bioon.com

慕尼黑展覽(上海)有限公司 Messe Muenchen Shanghai Co., Ltd.

 

會議主題 :

高通量測序技術與應用 

 

參會對象:

基因測序、診斷檢測企業高管;科研院所專家學者;儀器設備商;制藥企業市場、科研人員等

 

會議語言:

英語或中文 

 

會議內容:

政策方向

國內外基因測序政策發展趨勢

基因檢測市場標準與規范性

國內基因測序監管政策

新技術發展

高通量測序平臺及方法比較(RNA測序、全基因組測序、深度測序、miRNA測序、DNA測序、靶向測序、深度測序、重測序等)

單細胞測序、單分子測序技術及其應用

高通量測序信息分析解讀、數據挖掘

應用熱點領域

高通量測序與液體活檢、癌癥篩查

基于高通量測序的健康管理

高通量測序個性化醫學和臨床分子診斷

未來發展趨勢

全球高通量測序市場發展與趨勢

高通量測序生物信息學解決方案

 

  • 高通量測序技術與應用

時間 演講題目 演講嘉賓
時間 演講題目來賓入場 演講嘉賓

時間 演講題目主辦方致辭 演講嘉賓

時間 演講題目高通量組學技術與表觀遺傳分析 演講嘉賓

王德韜
上海伯豪生物技術有限公司

時間 演講題目高通量測序建庫技術與應用 演講嘉賓

楊毅
紐英倫生物技術(北京)有限公司 運營&技術總監

時間 演講題目高通量測序技術在單細胞組學分析與應用 演講嘉賓

黃健
上海交通大學系統生物醫學研究院

時間 演講題目午餐午休 演講嘉賓

時間 演講題目基于CTC的單細胞測序數據分享及應用展望 演講嘉賓

成璐
格諾生物科技(中國)有限公司 首席醫學官

時間 演講題目New Developments in NGS sample Quality Control – from FFPE RNA to cell-free DNA 演講嘉賓

Rainer Nitsche
安捷倫科技(中國)有限公司 生物分子分析事業部全球產品經理

時間 演講題目茶歇 演講嘉賓

時間 演講題目中國基因數據與決策網絡 演講嘉賓

李奇
上海其明信息技術有限公司 CEO

時間 演講題目CTC液體活檢與伴隨診斷一體化臨床應用進展 演講嘉賓

亓立峰
無錫納奧生物醫藥有限公司 董事長

時間 演講題目自由交流與討論 演講嘉賓

  • Rainer Nitsche

    安捷倫科技 | 生物分子分析事業部全球產品經理

    Rainer Nitsche,全球產品經理,安捷倫生物分子分析事業部
    Rainer是安捷倫生物分子分析事業部市場部全球產品經理,安捷倫生物分子分析事業部設在德國Waldbronn。Rainer負責新一代TapeStation儀器系統的市場推廣。他與德國卡爾斯魯厄大學生物化學系獲得博士學位,專業為化學與生物化學。

    二代測序樣本質控新發展——從FFPE DNA到cfDNA

    在過去的數年間,二代測序(NGS)在幾乎所有的遺傳研究和診斷領域發展成為了一個強大的工具。而任何NGS實驗成功的關鍵是初始RNA和DNA樣本以及它們所生成的文庫的質量控制(QC)。大多數的文庫制備工作仍然非常冗長,可謂是昂貴的步驟。為了避免“垃圾進垃圾出”的情況,需要嚴格的質控步驟。理想的NGS質控步驟應該是易于操作、經濟 ,并且對于非常低濃度的樣品也能夠提供快速且無爭議的結果。 確保樣品“滿足目標用途”的一種方法是應用自動化的電泳分離,并進行熒光檢測和自動數據分析。該報告包括了NGS樣本質控的最新發展,并給出實際應用案例。
    從血液樣本(“液態活檢”)或其他體液中提取的無細胞DNA(cfDNA)在癌癥研究和產前檢測中變得越來越重要。準確地定量cfDNA樣品對于確定測序前cDNA文庫制備時合適的DNA用量是必不可少的。基于不同的樣品處理或提取方法,cfDNA樣品中可能含有較大的DNA片段,例如基因組DNA污染。高分子量的物質會對文庫的制備產生負面影響,從而導致測序深度較低。報告中將展示不同cfDNA樣品的案例并討論其數據。

  • 李奇

    上海其明信息技術有限公司 | CEO

    現任上海其明信息技術有限公司CEO, 畢業于復旦大學, 2005年創建中國首家基因生物信息企業,并于2015年創建中國第一個基因云計算系統GCBI(Gene Cloud of Biotechnology Information)。GCBI運營3年來,已成為年使用量達到500萬人次/年的基因搜索與計算平臺,每年有40萬醫學用戶在線使用,涉及醫療機構3000多家。在李奇的領導下,其明公司成為兩項國家科技部精準醫療計劃的執行單位,分別為“基于遠程/移動醫療網絡的精準醫療綜合服務示范體系建設與推廣”和“艾滋病和病毒性肝炎等重大傳染病防治”,成為一項上海市發改委服務業平臺建設單位,為“其云基因大數據知識庫”。李奇作為作者之一的多篇生物信息成果發表于 Science、Nature Communication、Cancer Cell 等研究期刊。

    中國基因數據與決策網絡

    在9月底結束的中國臨床腫瘤大會上,其明公司對基因測序在腫瘤診療中的地位和困境做了一份調查。調查意在發現高通量測序對腫瘤診療發揮作用的期望和障礙。調查面涉及到110家腫瘤診斷產品公司和醫療服務機構。我們發現,腫瘤診斷對高通量測序的期望在不斷增大,但是高通量測序的價值卻嚴重受限于其數據規模。從基因及其變異視角來看,每個個體都是特殊事件,千萬種特殊匯總成為總體的普遍特征,從而使人群可以按基因特征歸類和預測。若想實現基于基因數據的健康評估、診斷、預后預測,只有在匯集大量完全個體化離散的基因數據后才能實現。此外,僅有基因數據還無法對腫瘤診療進行決策。基因數據本身并不產生價值。基因數據還必須與深厚廣泛的醫學知識融合,才能具有決策能力。所以發現基因變化、存儲基因變化、理解基因變化、應用變化的信息指導診療決策。這樣才是完整的整體機制。而今天,我在此要向大家講述的就是這么一個完整體系,中國GCBI——中國生物信息基因云。

  • 王德韜

    上海伯豪生物技術有限公司 | 產品經理

    王德韜博士,上海伯豪生物技術有限公司產品經理。上海大學生物信息工程博士,主要研究領域:非小細胞肺癌中miRNA調控網絡的研究;miRNA轉錄調控機制研究;黏細菌次級代謝產物抑菌抑癌的研究;非編碼RNA(tRNA)潛在調控機制的研究;腫瘤的表觀遺傳學。參與多項973項目、國自然項目等關于miRNA的功能研究、miRNA調控網絡的研究。在表觀遺傳學項目經驗豐富,服務項目數超過200個,協助客戶完成在JCO,NC等期刊發表文章。建立了甲基化芯片DMR分析的方法和甲基化與miRNA啟動子區域聯合分析的方法。

    高通量組學技術與表觀遺傳分析
  • 楊毅

    紐英倫生物技術(北京)有限公司 | 運營總監

    1995年在澳大利亞悉尼The University of New South Wales獲博士學位。在美國哈佛大學從事博士后研究工作期間,首先克隆并研究出一種信號轉導蛋白-Ras Guanine Nucleotide Releasing Protein,該蛋白質與肥大細胞的分化與功能密切相關。楊毅博士現任NEB(北京)運營&技術總監

    高通量測序建庫技術與應用

    Next generation sequencing continues to revolutionize genomic research. Lower input material and higher throughput requirements are ever growing demands for library preparation methods used to study the genome and transcriptome. Highly streamlined, efficient, robust and reliable methods are required to ensure high quality data generation, including high yields, high coverage, low GC bias, and sensitivity.

    To address these challenges, we continue to develop a broad range of solutions for sample preparation using multiple sample types. These include a novel enzymatic DNA fragmentation reagent incorporated into DNA library preparation workflow that uses a single time-dependent protocol, regardless of input amount and GC content. This reliable fragmentation reagent is also combined with end repair and dA-tailing agents, thereby eliminating the need for equipment to shear DNA, and reducing the number of sample transfers and losses. Adaptor ligation is also carried out in the same tube, followed by a single cleanup step. For low input samples, PCR amplification is performed prior to sequencing. These optimizations enable a more streamlined, automation friendly workflow using low input DNA without compromising on data quality.
    RNA sequencing (RNA-seq) has become the tool of choice for transcriptome profiling and discovery. To meet the need for RNA library construction methods that produce high quality, reproducible libraries from small amounts of precious material we have developed two streamlined RNA-seq library preparation methods that can be used across a wide range of input RNA, from single cells to a microgram of total RNA. Sequencing data from these methods show that important parameters such as GC content, gene body coverage and gene expression correlation remain consistent across input amounts. As a result, these methods have increased sensitivity and specificity for low-abundance transcripts, and reduced PCR duplicates and sequence bias, delivering high quality data.
    Combined, these advances enable higher performance with lower inputs, and overall a wider range of sample types and qualities.

  • 成璐

    格諾生物科技(中國)有限公司 | 首席醫學官

    1999年畢業于華東理工大學生物化學專業,2001進入復旦大學遺傳所,師從盧大儒教授并獲遺傳學博士學位。2006年開始在中科院上海生化細胞所進行博士后研究,主要方向為胚胎干細胞多能性維持及定向分化機制研究及多物種iPS細胞構建。2011年加入復旦大學醫學院,從事多能干細胞及腫瘤的表觀遺傳機制研究。2017年加入鹍遠基因,負責基于NGS的腫瘤基因檢測相關科研項目。2018年加入格諾生物,擔任醫學總監,負責基于CTC及ctDNA的腫瘤臨床應用研究。

    基于CTC的單細胞測序數據分享及應用展望

    與人類疾病研究從基因組到轉錄組、蛋白組再到表觀組學的軌跡類似,單細胞研究也從早期的基因組和轉錄組測序快速向表觀基因組研究推進,發展了scChIP-seq、scATAC-seq和scHi-C等一系列單細胞表觀研究技術和scCOOL-seq等單細胞多組學技術。腫瘤循環細胞CTC是液體活檢的重要類型,相對于ctDNA,CTC具有完整的細胞結構和相應的各項細胞特征。天然的單細胞存在形式使其成為單細胞測序研究的良好材料。基于高通量測序和單細胞組學的快速發展,CTC在腫瘤發生發展、腫瘤進化、腫瘤轉移調控機制等基礎及臨床研究方面的應用前景更為廣闊,但CTC鑒定及分離捕獲的標準及技術瓶頸仍有待突破。我們將介紹格諾生物基于已有的CTC高效無損分離技術建立的高通量單細胞轉錄組測序平臺及前期數據;基于CTC的單細胞測序研究進展及應用展望。

  • 亓立峰

    無錫納奧生物醫藥有限公司 | 董事長

    華盛頓大學博士后,同濟大學醫學院研究員,博士生導師。已在國際權威期刊JACS、ACS nano、Biomacromolecules、Journal Material Chemistry、European Journal of Cancer.等雜志發表SCI科研論文20余篇,論文多次被美國癌癥研究所重點報道,被引用2000余次,申請及授權國際國內發明專利8項。

    CTC液體活檢與伴隨診斷一體化臨床應用進展
  • 黃健

    上海交通大學系統生物醫學研究院 | 教授

    學習經歷:
    ? 1984-1987,江蘇省衛生學校,醫學檢驗;
    ? 1993-1997,江蘇徐州醫學院,臨床醫療;
    ? 2000-2003, 江蘇徐州醫學院(碩士研究生),腫瘤學;
    ? 2004-2007, 復旦大學(博士研究生),分析化學。
    ? 2007-2009,上海交通大學(博士后),腫瘤基因組學和分子遺傳學
    工作經歷:
    ? 1987.09-1995.06 徐州醫學附屬醫院檢驗科,醫學檢驗師;
    ? 1995.07-1997.10 徐州醫學附屬醫院醫務科,主管檢驗師;
    ? 1997.11-2000.09 徐州醫學附屬醫院中心實驗室,主管檢驗師;
    ? 2001.02-2009.11 國家人類基因組南方研究中心,課題組長;
    ? 2009.11-2011.06 深圳華大基因研究院健康事業研發部主任;
    2011.06-2015.05 生物芯片上海國家工程研究中心腫瘤基因組學轉化應用研究室主任;
    ? 2011.06-至今 國家人類基因組南方研究中心/腫瘤基因組學課題/PI/研究員;
    ? 2015.06-至今 上海交通大學系統生物醫學研究院/腫瘤基因組學課題組/PI/研究員。
    人才獎項:
    上海優秀技術學科帶頭人
    研究方向:分子遺傳學和腫瘤基因組學基礎和應用研究:
    利用基因芯片和高通量測序技術及生物信息學手段,系統分析肝癌基因組、轉錄組和甲基化組的變異,并探討各種變異與臨床特征的關聯性,結合細胞學和動物學技術識別鑒定與腫瘤相關的重要功能基因,深入研究其在腫瘤發生發展中的分子機制,為腫瘤的臨床診斷提供新的指標,或為最終治愈腫瘤提供潛在的藥物靶點。

    高通量測序技術在單細胞組學分析與應用

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